近年来，有机磷农药废水处理的研究越来越多，主要是因为部分有机磷农药废水未经过合理的处理被排放到水中，对生态环境造成很大的损害，影响到生态环境的可持续发展并且威胁着人类的安全。
含有机磷农药废水的处理方法有很多种，常用的方法可以分为氧化法、生化法、吸附法、水解法和化学法等。
化学法
有机磷废水水量大、成分复杂、难处理，特种磷处理设备SPI-IE是湛清环保针对有机磷等特种磷废水研发的新型化学除磷设备，采用精准调控反应技术，配套SPT-P5特种磷去除剂，通过优化反应器构型及精准控制反应条件，能完全实现特种磷的有效去除。
臭氧氧化法
臭氧氧化法适于处理浓度较低、难被生物降解或对生物有毒的农药废水，一般生成疑基化合物，无二次污染，在分解有机物的同时，还具有脱色、除臭和杀菌作用臭氧氧化的缺点是臭氧发生器耗电量较高，故在电量供应充足的条件下才适合。
活性污泥法
生化处理是将均化后的废水与含有驯化的耐有机磷的细菌的活性污泥混合，并进行曝气
曝气后进入沉淀池，经沉淀池处理后再进行二次曝气，曝气生化处理可使BOD下降至 13mg／L，有机磷中的磷可作为生物营养物质被回收利用，生化处理法应用广泛，效果较好。
吸附法
有机磷吸附效果更好，也可经碱解后再用活性炭，活性炭可用蒸汽再生；
废水中的磷酸三丁酯可用飞灰及粘土作吸附剂去除，但在酸性介质中加硝酸可提高去除率，聚乙烯用醇或酮处理后可用来吸附水中微量的有机磷化合物。
